در این داستان پسر پانزده‌ساله‌ای به‌طور اتفاقی به دست‌نوشته‌ای از پدرش دست می‌یابد. در حالی که پدرش ۱۱ سال پیش به دلیل ابتلا به بیماری صعب‌العلاجی از دنیا رفته و در آستانه مرگ، نامهٔ دور و درازی برای پسرش از خود به جا گذاشته‌است. به گفته مادرش، بیش‌ترین غم و اندوه پدر در آستانه مرگ این بوده‌است که پیش از آن که بتواند پسرش را بشناسد باید بمیرد. دختر پرتقال گفتگوی فلسفی و شاعرانه بین پدر و پسری است که در دو زمان مختلف زیسته‌اند. پدر ماجرای آشنایی با دختری را به شیوه‌ای جذاب برای پسرش بازگو می‌کند. پسر با خواندن یادداشت‌های پدرش دید جدیدی نسبت به زندگی پیدا می‌کند.